Theo sách Đại Việt thông sử: Năm 1429, Trần Nguyên Hãn xin về hưu. Từ trước đó, Nguyên Hãn có nói riêng với người thân cận: Nhà vua có tướng như Việt vương Câu Tiễn, cho nên, ta không thể yên hưởng vui sướng được. Lê Lợi y cho Nguyên Hãn được về, nhưng dặn rằng cứ một năm hai lần lại vào triều chầu vua. Ông về làng làm nhiều nhà cửa, xây bằng gạch hoa và đóng thuyền chở binh khí. Có người tố cáo ông mưu phản. Lê Lợi sai lực sĩ xá nhân bắt về hỏi tội. Thuyền đi đến bến xã Đông Sơn, Trần Nguyên Hãn phẫn uất khấn trời rằng:

“

...Tôi với Hoàng thượng cùng mưu cứu nước, cứu dân, nay sự nghiệp lớn đã thành, Hoàng thượng nghe lời dèm mà hại tôi. Hoàng thiên biết xin soi xét cho.[15]

”

Nói xong bỗng trờ nổi gió to làm lật thuyền, bốn mươi hai lực sĩ xá nhân và Trần Nguyên Hãn đều chết đuối cả, chỉ có hai gia đồng thoát chết. Lê Lợi nghe tin, xuống chiếu tịch thu tất cả vợ con, ruộng đất của cải của ông. Cái chết của Trần Nguyên Hãn được Đại Việt thông sử mô tả khác nhau trong 2 thiên truyện: Đế kỷ đệ nhất ghi ông tự sát;[16] truyện Trần Nguyên Hãn lại mô tả sau lời than của ông, gió to nổi lên làm lật thuyền khiến ông và 42 lực sĩ đều chết, chỉ có 2 gia đồng sống sót.[15]

Đề thi văn sách do vua Lê Thái Tông ban hành trong khoa thi Hội năm 1442 – khoa thi Hội đầu tiên của hoàng triều Lê – có nhắc đến việc Trần Nguyên Hãn chống lại Lê Thái Tổ: "Đức Thái tổ Cao hoàng đế ta lấy được thiên hạ, nhiều phen xuống chiếu cầu hiền mà không có một ai trúng tuyển, trong khi ấy thì bọn Hãn, bọn Xảo ngầm nuôi mưu gian". Người đỗ đầu khoa thi này là Nguyễn Trực. Bài thi của Nguyễn Trực có đoạn viết về Trần Nguyên Hãn:[17]

" Bọn Hãn, bọn Xảo ngầm nuôi mưu gian ghen ghét hiền tài cất nhắc bè lũ. Bản thân chúng đã chả ra gì, thì làm sao tiến cử được nhân tài! Xem thế, dẫu Thái tổ Cao hoàng đế có nguyện vọng cầu hiền, nhưng bị bọn Hãn, Xảo che lấp hiền tài, nên không tìm được. Người xưa có câu: Ai tiến cử nhân tài, sẽ được ban thưởng mức cao nhất. Kẻ nào che lấp tài năng, phải bị trị tội nặng. Vì thế, bọn Hãn, Xảo đã không thoát khỏi sự trừng phạt của Thái tổ Cao hoàng đế. Bọn chúng cũng là lũ Tứ hung đời Ngu, lại Tam giám đời Chu đó! Nhưng dù có bọn tiểu nhân như chúng, vẫn không thể làm hỏng được công cuộc trị nước bấy giờ."

Chi tiết này hé lộ rằng 9 năm sau khi Lê Thái Tổ mất (1433), triều đình Lê vẫn coi Trần Nguyên Hãn là tội thần.

Di lụy và phục hồi

Năm Diên Ninh thứ 5 (1455), nhân đại xá, vua Lê Nhân Tông thương ông vô tội, ban chiếu trả lại ruộng nương của cải, để biểu dương người có công lao cũ.[18] Triều đình đời vua Lê Nhân Tông chỉ nhân dịp đại xá mà thương cho hậu duệ những người phạm tội như Lê Sát, Nguyễn Trãi, Phạm Văn Xảo..., trả lại ruộng đất cũ cho họ, chứ không minh oan cho họ. Vị vua sau này là Lê Thánh Tông mới thực sự minh oan, tặng phong tước cho Lê Sát, Phạm Văn Xảo, Nguyễn Trãi, còn riêng Trần Nguyên Hãn không thấy minh oan và được tặng chức tước gì, nghĩa là triều nhà Hậu Lê vẫn xem ông là tội phạm. Đến đời nhà Mạc, triều đại cướp ngôi nhà Lê, ông mới được truy phong là Tả tướng quốc, Trung liệt Đại vương.[19]

Nguyên nhân

• Theo sách Đại Việt thông sử, quyển 2, Đế kỷ đệ nhị:[20] Tháng 11, năm 1430, thổ tù ở châu Thạch Lam Thái Nguyên là Nông Đắc Thái và ở châu Thượng Lang liên kết với Trần Hãn làm phản, Lê Lợi bèn thân chinh và tuyển binh ở bãi Bồ Đề, giết Phạm Văn Xảo. Đến tháng 2, 1431 Lê Lợi đánh bại lực lượng này, khiến Bế Khắc Thiệu thua chạy rồi chết, bắt sống được Nông Đắc Thái.

Đến tháng 12, năm 1431, thổ tù Đào Cát Hãn ở Mường Lễ do thông đồng với Phạm Văn Xảo, lại liên kết với quân Ai Lao xâm lấn Mường Mỗi. Lê Lợi sai con trưởng Lê Tư Tề và tướng Lê Sát mang quân đánh, sau đó lại tự mình thân chinh. Đến tháng 1 năm 1432, Lê Lợi giết tướng Ai Lao là Kha Lại, Đào Cát Hãn phải chạy trốn, đổi Mường Lễ thành châu Phục Lễ. Đến tháng 3, khi kéo quân trở về kinh sư, làm lễ hiến phù tại Thái miếu, Lê Lợi ban tờ chiếu trong đó có chép:Năm ngoái thằng Khắc Thiệu ở Thái Nguyên mưu làm phản đích là do thằng Hãn âm mưu, năm nay Cát Hãn làm phản là do âm mưu của Xảo...phàm bầy tôi nên lấy tên Hãn, tên Xảo làm răn...[21]

• Theo sách Đại Việt sử ký toàn thư, vụ việc Bế Khắc Thiệu và Nông Đắc Thái nổi dậy làm phản,sử chép rằng hai người này ở địa phương tranh nhau tự lập, không do ai xui giục.[22]
• Sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục chép vụ việc họ Nông và họ Bế làm phản và việc hạ lệnh bắt Trần Nguyên Hãn là 2 việc riêng rẽ, không liên quan tới nhau; sách này cũng khẳng định Trần Nguyên Hãn bị gièm pha vu cáo là có mưu phản. Khi đề cập tới việc Lê Lợi đánh xong họ Nông và họ Bế, ban chiếu kể tội họ cho các nơi biết cũng không đề cập tới người khác xui giục.[23]

Theo sách Đại Việt thông sử của Lê Quý Đôn, vua Thái Tổ tuổi già, lắm bệnh, sợ ngày sau chúa nhỏ (thái tử Nguyên Long mới lên 8) cầm quyền, các đại thần như Phạm Văn Xảo và Trần Nguyên Hãn "sẽ có chí khác".[24] Vì vậy, bề ngoài Lê Lợi "tỏ ra trọng vọng nhưng bên trong vẫn nghi ngờ. Bọn gian thần Trình Hoàng Bá, Lê Quốc Khí, Đinh Bang Bản, Nguyễn Tông Chí, Lê Đức Dư đón biết ý vua tranh nhau dâng mật sớ khuyên vua sớm trừ đi".[25] Khi Phạm Văn Xảo và Trần Nguyên Hãn đã bị trừ bỏ, vua Lê "hối hận, thương hai người bị oan", hạ lệnh cho những kẻ tố cáo ông về sau không được tố cáo ai nữa và dù có tài cũng không được dùng nữa. Khi Lê Thái Tông (Nguyên Long) lên ngôi, phụ chính Lê Sát định dùng lại bọn gian thần đó nhưng bị các quan trong triều phản đối đành phải thôi.[25]

• Theo ý kiến phỏng đoán trong sách của nhóm Phan Duy Kha, Lã Duy Lan,...:Ông nằm trong vòng xoáy tranh giành quyền lực trong triều đình nhà Lê thời hậu chiến. Có ý kiến phỏng đoán rằng Trần Nguyên Hãn và Phạm Văn Xảo ủng hộ Lê Tư Tề, con trưởng của Lê Lợi trong khi Lê Sát, Lê Ngân, Phạm Vấn... ủng hộ người con thứ là Nguyên Long. Khi phái Lê Sát thắng thế và Lê Tư Tề bị ruồng bỏ, thì ông cũng không tránh khỏi hậu họa.[24][26]

Lời bình của Trần Quốc Vượng

Sử gia Trần Quốc Vượng bàn về cái chết của Trần Nguyên Hãn như sau:

“

...Phạm Lãi... đi biệt, đổi tên họ, dẫn theo người đẹp Tây Thi... bỏ hoàn toàn ham muốn quyền lực. Nên vua dù có biết (mà biết thực, nên mới cho ghi vào sử), cũng nghĩ ông này bây giờ... không dòm ngó gì tới ngôi báu. Đàng này... ...Nguyên Hãn lại "dại dột" làm nhiều nhà cửa, xây bằng gạch hoa (a, có vẻ như xây biệt đô, biệt cung), thuần phục và tậu voi tậu trâu từng đàn đi lại rầm rập, lại "đóng thuyền, chở binh khí" nữa, ra cái dáng "sứ quân", "nghênh ngang một cõi". Thế thì chưa biết "động cơ chủ quan" như thế nào, chứ như thế thì bịt sao nổi miệng thế xầm xì phao tin đồn (cơ chế của tin đồn là mối quan tâm tới một sự kiện nhưng thiếu thông tin về sự kiện đó). Người ta vu cho ông làm phản. Và ông bị giết hại (hay bị "bức tử", "tự sát", hay là "chết đuối"…thì cũng vậy thôi) là phải."[27]

”